Visualisierung ähnlicher Sequenzen
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Die Sequenzierung großer Genome ist auch heute, mit neuester und hochentwickelter Technik, eine sehr zeit- und resourcenintensive Aufgabe. Die Ähnlichkeit verwandter Organismen kann diesen Prozess vereinfachen und möglicherweise beschleunigen. In dieser Arbeit betrachten wir das Optimal Syntenic Layout Problem. Dabei wird versucht, ein teilsequenziertes Genom anhand der bekannten DNA Sequenz eines verwandten Organismus richtig anzuordnen. Das OSL Problem ist NP-schwer, und es wird ein Approximationsalgorithmus betrachtet, der auf Maximum Weighted Matching basiert. Zum Vergleich wird ein neuer Ansatz dargestellt, der die Christofides Heuristik für TSP benutzt. Die Arbeitsweise beider Algorithmen wird auf den Genomen von Influenzaviren H1N1, H3N2, H4N2, H5N1, H6N2 getestet.
Zusammenfassung in einer weiteren Sprache
Sequencing large and complex genomes is a time and resource consuming task. Even using newest and most highly developed technology it is not possible to solve this problem efficiently. The similarity of related organisms can help to make this process easier and faster. In this work we consider the Optimal Syntenic Layout Problem, in which we try to assamble an incomplete genome by ordering known subsequences, using the DNA of a related organism. This problem is NP-complete, and we describe an approximation algorithm, based on maximal weighted matching. In addition we present an alternative approach, based on the Christofides Heuristic for TSP. We ilustrate the performance of both algorithms using DNA strains of the influenzaviruses H1N1, H3N2, H4N2, H5N1, H6N2.
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ISO 690
NEYCHEVA, Evgeniya, 2006. Visualisierung ähnlicher Sequenzen [Bachelor thesis]BibTex
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