In der vorliegenden Arbeit schlagen wir eine Architektur für ein Dockingsystem vor, das zu einem gegebenen Anfrageprotein alle möglichen Dockingpartner und deren zugehörige Konstellationen in einer Proteindatenbank sucht. Die einzelnen Filter- und Bewertungsschritte dieses Dockingsystems sollen durch den Einsatz räumlicher Zugriffsstrukturen unterstützt werden. Hier behandeln wir insbesondere die Verwendung eines effizienten und robusten Feature-Index. Dieser dient dazu, aus dem Raum aller möglichen Konstellationen von Partnerproteinen aus der Datenbank gute Kandidatenvorschläge zu ermitteln. Dazu werden im Vorfeld die Proteinoberflächen regionalisiert, in einem k-dimensionalen Raum von Kennzahlen beschrieben und in einer k-dimensionalen räumlichen Indexstruktur verwaltet. Für die Docking-Suche wird das Anfrageprotein analog regionalisiert, und zusätzlich werden seine Kennzahlen komplementiert, so daß zum Komplement ähnliche Regionen als mögliche Docking-Stellen im Index gefunden werden können. In den nachfolgenden Filterschritten des Dockingsystems wird unter anderem das räumliche Passen genauer überprüft.