In der vorliegenden Arbeit wurden verschiedene Peptide mit Hilfe der nichtwässrigen Kapillarelektrophorese (NACE) analysiert. Es wurden sowohl grundsätzliche, trennmethodische Fragestellungen bearbeitet als auch praktische Anwendungen für die NACE-Analytik von Peptiden entwickelt. Im ersten Teil der vorliegenden Arbeit wurde der Einfluss nichtwässriger Lösungsmittel auf das Dissoziationsverhalten und die Sekundärstruktur von Peptiden untersucht, welche entscheidend das Migrationsverhalten von Peptiden in der CE bestimmen. Im zweiten Teil der Arbeit wurden zwei Anwendungsbeispiele für den Einsatz der NACE zur Analyse von Peptiden entwickelt, wobei die Kopplung mit der massenspektrometrischen und der elektrochemischen Detektion im Vordergrund stand.