MIRU-VNTRplus: datenbankgestützte polyphasische Analyse von Mycobacterium tuberculosis complex Genotypisierungsdaten
Die molekulare Typisierung von Isolaten des Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) ist für viele epidemiologische Anwendungen von Bedeutung. Das Verfahren der Variable Number Tandem Repeats (VNTR) Typisierung wird hierzu immer wichtiger, da es sehr diskriminierend und sehr reproduzierbar ist. Bis...
Verfasser: | |
---|---|
Weitere Beteiligte: | |
FB/Einrichtung: | FB 05: Medizinische Fakultät |
Dokumenttypen: | Dissertation/Habilitation |
Medientypen: | Text |
Erscheinungsdatum: | 2008 |
Publikation in MIAMI: | 04.12.2008 |
Datum der letzten Änderung: | 21.03.2023 |
Angaben zur Ausgabe: | [Electronic ed.] |
Schlagwörter: | MLVA; MIRU; VNTR; Mycobacterium tuberculosis; Typisierung |
Fachgebiet (DDC): | 610: Medizin und Gesundheit |
Lizenz: | InC 1.0 |
Sprache: | Deutsch |
Format: | PDF-Dokument |
URN: | urn:nbn:de:hbz:6-03529399137 |
Permalink: | https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-03529399137 |
Onlinezugriff: | diss_weniger.pdf |
Die molekulare Typisierung von Isolaten des Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) ist für viele epidemiologische Anwendungen von Bedeutung. Das Verfahren der Variable Number Tandem Repeats (VNTR) Typisierung wird hierzu immer wichtiger, da es sehr diskriminierend und sehr reproduzierbar ist. Bis jetzt gibt es noch keine Software zur Analyse von VNTR-Typisierungsdaten, die eine repräsentative und gut charakterisierte Referenzdatenbank beinhaltet. In die hier vorgestellte Datenbank wurden 187 Stämme der wichtigsten Lineages des MTBC aufgenommen. Für jeden dieser Stämme sind neben den Basisdaten auch VNTR-Daten für 24 Loki und vier weitere genetische Marker vorhanden. Benutzer können ihre Isolate auf zwei Arten mit der Referenzdatenbank vergleichen, durch Ähnlichkeitssuche oder durch Auswertung der Gruppierung in einem phylogenetischen Baum. Die für die Ähnlichkeitssuche notwendigen Schwellenwerte wurden durch eine Auswertung der Suchergebnisse für die Referenzstämme bestimmt.