MIRU-VNTRplus: datenbankgestützte polyphasische Analyse von Mycobacterium tuberculosis complex Genotypisierungsdaten

Die molekulare Typisierung von Isolaten des Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) ist für viele epidemiologische Anwendungen von Bedeutung. Das Verfahren der Variable Number Tandem Repeats (VNTR) Typisierung wird hierzu immer wichtiger, da es sehr diskriminierend und sehr reproduzierbar ist. Bis...

Verfasser: Weniger, Thomas
Weitere Beteiligte: Harmsen, Dag (Gutachter)
FB/Einrichtung:FB 05: Medizinische Fakultät
Dokumenttypen:Dissertation/Habilitation
Medientypen:Text
Erscheinungsdatum:2008
Publikation in MIAMI:04.12.2008
Datum der letzten Änderung:21.03.2023
Angaben zur Ausgabe:[Electronic ed.]
Schlagwörter:MLVA; MIRU; VNTR; Mycobacterium tuberculosis; Typisierung
Fachgebiet (DDC):610: Medizin und Gesundheit
Lizenz:InC 1.0
Sprache:Deutsch
Format:PDF-Dokument
URN:urn:nbn:de:hbz:6-03529399137
Permalink:https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-03529399137
Onlinezugriff:diss_weniger.pdf

Die molekulare Typisierung von Isolaten des Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) ist für viele epidemiologische Anwendungen von Bedeutung. Das Verfahren der Variable Number Tandem Repeats (VNTR) Typisierung wird hierzu immer wichtiger, da es sehr diskriminierend und sehr reproduzierbar ist. Bis jetzt gibt es noch keine Software zur Analyse von VNTR-Typisierungsdaten, die eine repräsentative und gut charakterisierte Referenzdatenbank beinhaltet. In die hier vorgestellte Datenbank wurden 187 Stämme der wichtigsten Lineages des MTBC aufgenommen. Für jeden dieser Stämme sind neben den Basisdaten auch VNTR-Daten für 24 Loki und vier weitere genetische Marker vorhanden. Benutzer können ihre Isolate auf zwei Arten mit der Referenzdatenbank vergleichen, durch Ähnlichkeitssuche oder durch Auswertung der Gruppierung in einem phylogenetischen Baum. Die für die Ähnlichkeitssuche notwendigen Schwellenwerte wurden durch eine Auswertung der Suchergebnisse für die Referenzstämme bestimmt.